Le régime alimentaire et le mode de vie l’emportent sur le patrimoine génétique dans la formation du microbiome intestinal chez les primates non humains et humains

La source de variation dans la composition et la fonction du microbiome au sein des espèces et entre celles-ci n’a pas encore été pleinement comprise. Bien que les antécédents génétiques et le régime alimentaire aient été suggérés comme facteurs principaux de la composition du microbiome intestinal, le rôle de la génétique par rapport aux facteurs environnementaux dans la variation du microbiome intestinal chez des primates étroitement apparentés reste flou.

Andres Gomez, de l'Université du Minnesota (États-Unis), étudie les facteurs qui déterminent la composition du microbiome intestinal chez 9 espèces de primates et 4 groupes humains, exposés à différents modes de subsistance.
 Les chercheurs ont analysé des échantillons fécaux de primates anthropoïdes - y compris des grands singes africains, des singes de l'Ancien Monde et des singes du Nouveau Monde - et des populations humaines composées de chasseurs-cueilleurs et d'agriculteurs traditionnels. Les données des participants américains au projet du microbiome humain ont également été incluses. La composition du microbiote intestinal était différente dans les échantillons de selles de toutes les espèces de primates analysées. L'origine géographique et la stratégie de subsistance ont conduit à des groupes spécifiques de profils de microbiome intestinal partagés entre des primates génétiquement distants. Plus précisément, les singes africains de la sous-famille Cercopithecinae - y compris mangabeys, babouins et vervets - dont la subsistance est basée sur la recherche de nourriture avaient un microbiome intestinal similaire à celui de groupes humains qui reposent sur des habitudes alimentaires non industrielles, même s’ils sont des primates éloignés du point de vue phylogénétique. Les auteurs émettent l'hypothèse que la similitude du microbiome intestinal entre les chasseurs-cueilleurs humains et les agronomes et les singes de l'Ancien Monde résulte du partage d'un régime alimentaire qui présente une grande diversité d'éléments nutritifs constitués de plusieurs substrats pour le microbiome, plutôt que de dépendre d'une seule catégorie d'aliments. 
 Les chercheurs occidentaux qui vivaient en République centrafricaine et qui avaient adopté le style de vie des agronomes traditionnels ont également montré des tendances similaires en microbiome intestinal similaires à celles observées chez les agriculteurs et les chasseurs-cueilleurs traditionnels, qui différaient de l'homme aux États-Unis. Gomez et ses collègues ont également identifié trois signatures de microbiome intestinal communes chez les singes africains et les populations de chasseurs-cueilleurs et d'agriculteurs. Les taxons bactériens appartenant au groupe 1 - dominés par Prevotella, Coprococcus, Clostridium, Faecalibacterium, Lachnospira et des membres non classifiés - ont conduit à un microbiome intestinal présentant la plus grande diversité. Ce groupe a ensuite été suivi par les deux autres. Les plus hauts niveaux de diversité du microbiome intestinal ont été trouvés chez les singes et les humains pratiquant une subsistance traditionnelle avec un mélange de fibres fermentescibles. En revanche, les primates qui consomment une alimentation riche en fibres complexes, tels que les gorilles, présentent des niveaux inférieurs de diversité du microbiome intestinal. Ces résultats montrent l’importance d’éviter les associations simplistes qui ont longtemps été rapportées dans le domaine du microbiome, telles que «Entérotype enrichi en Prevotella - Fibres alimentaires, légumes et fruits» et «Entérotype enrichi en Bactéroïdes - Protéines et graisses animales». 
 Dans l’ensemble, ces résultats montrent que le microbiome intestinal humain est très plastique au niveau du genre. Contrairement à ce que l'on pensait auparavant, ces résultats mettent en évidence les facteurs environnementaux en tant que principaux facteurs de la composition du microbiome intestinal par rapport aux phylogénie de l'espèce hôte. Ces résultats montrent que l'alimentation peut l'emporter sur l'évolution phylogénétique dans la formation des communautés microbiennes intestinales. Selon les chercheurs: "Ces données appuient un modèle écologique plutôt que la convergence évolutive sur les microbiomes de l'intestin des primates."